Ayestarán trenerem Nietoperzy

Pako Ayestarán po zwolnieniu Gary'ego Neville'a w Valencii został mianowany tymczasowym szkoleniowcem do końca sezonu. Były asystent Rafy Beniteza w Liverpoolu pracował z nim wcześniej właśnie w ekipie Nietoperzy, dwukrotnie sięgając po mistrzostwo kraju, dorzucając do puli trofeów Puchar UEFA.

W latach 2004-2007 Ayestarán pomagał Benitezowi w Liverpoolu, gdzie sięgnął po Puchar Europy w 2005 roku, a także Puchar Anglii rok później.

Później Pako przebywał w Izrealu, z Maccabi Tel Awiw dwukrotnie zdobył puchar kraju, a jego zespół występował w Champions League.

Zaliczył również epizod w Meksyku, gdzie trenował drużynę Santos Laguna.